文书档案通过分类后，具有了一定的系统性，但是每一类里仍处于零散杂乱的状态，需要通过排列进一步系统化。文件的排列是指在分类方案的最低一级类目内，根据一定的方法确定归档文件先后秩序的过程。其他诸如不同类别文件之间的排列和档案盒排架等不在此范围内。归档文件的排列，强调“事由原则”，即同一事由的相关文件应当排列在一起。我们可以根据时间、重要程度等因素作为进行事由间系统排列的参考依据。

1、 同一事由归档文件的排列方法

最简单的方法是按文件形成时间的先后顺序，日期在前排列在前，日期在后排列在后。或者按文件的重要程度排列，相对重要的排在前面，其他的放在文件后面。

2、 不同事由间的归档文件排列

2.1 按不同事由形成时间的先后顺序排列。

事由的形成时间即事由的办结时间，这种方法比较简单，适合“随班随归”的单位。

2.2 按事由的重要程度排列

将主要职能或者重要活动形成的文件排在前面，其他工作形成的文件排在后面；或者将综合性工作形成的文件排在前面，具体事务性工作形成的文件排在后面。

2.3 按事由具有的共同属性分别集中排列

（1）按责任者或者承办部门分别集中排列。

（2）按照不同问题分别集中排列。采用此办法一般都是为了在手工管理条件下为检索提供更多的方便。

另外，“会议文件、统计报表等成套性文件可集中排列”。这里的“成套性”是指某些事由形成的文件彼此间联系的比较松散，但是这些事由间则有比较密切的联系。例如，一次会议往往有很多的事由，它们形成的文件在时间上可能跨度很大，但是表现出很强的系统性，利用时需要互相参照、查证，集中排列更方便检索利用。

在实际工作中，由于种种原因，有一些文件没有按归定的时间移交档案管理部门，对于这些零散文件，应视不同情况进行处理。针对零散文件归档，可以采取以下补救措施：将零散文件排列在相应类别归档文件的后面或将零散文件与所属事由的文件装订在一起，并在目录备注中标注“此件实为2件”。